De Stichting Carmelcollege werd in 1922 opgericht door de Karmelieten. Lange tijd was de katholieke school een verlengstuk van de Kerk. De identiteit van de Carmelscholen die voor 1960 zijn gesticht, werd hierdoor in grote mate bepaald. Na verloop van tijd waren ook niet katholieke leerlingen welkom op de scholen, waardoor het aantal Karmelieten op de scholen langzaam maar zeker afnam. In 1968 werden de Provincie der Nederlandse Karmelieten en de Stichting Carmelcollege formeel ontkoppeld. Op dit moment heeft nog slechts één Karmeliet zitting in de Raad van Toezicht. De signatuur van de huidige Carmelscholen varieert van rooms katholiek en protestants-christelijk tot interconfessioneel en algemeen bijzonder.

Tot 1990 waren de Carmelscholen voornamelijk havo-vwo scholen. In 1990 begon de schaalvergroting, ingezet door het toenmalige Ministerie van Onderwijs en Wetenschappen. Momenteel is er nog slechts één havo-vwo school binnen de Carmel. De overige scholen zijn grote instellingen met een breed onderwijsaanbod. In 1994 is een aantal scholen voor speciaal voortgezet onderwijs (svo) onder de paraplu van de Stichting gekomen. Met ingang van schooljaar 2002/2003 is gestart met de integratie van het svo in het reguliere voortgezet onderwijs. Per 1 augustus 2003 is deze integratie voltooid.